Gli angeli hanno in loro il Frutto della vita, il nucleo, collegabile idealmente alla mela dell' albero della vita del giardino dell' Eden. Attraverso questo la longevità viene assicurata.
L' uomo possiede il Frutto della conoscenza, Dio li possiede entrambi: egli è sapiente e immortale, ma anche molto egocentrico se segue un comportamento di tipo assolutamente repressivo nei confronti di Adamo e Eva quando, attraverso loro e la loro discendenza, l' uomo si appropria della conoscenza. A questo punto il giocattolo costruito da Dio per se stesso sfugge di mano, va fuori dal suo controllo. Dio ha ancora dalla sua la potenza della vita, e caccia l' uomo dall' Eden relegandolo sulla terra, dove non ha possibilità di trovare alcun tipo di strumento o "frutto" che possa portarlo alla sua stessa linea di potenza e innescare così l' Armageddon, la grande lotta fra il bene e il male, lotta che, se si legge la Bibbia, viene specificamente collocata territorialmente: avverrà sulla Terra. Da notare che il concetto di bene e il concetto di male sono puramente oggettivi: sia l' uomo che Dio avrebbero lottato per la loro sopravvivenza e il sopravvissuto avrebbe imposto il concetto di bene secondo i fatti (ex: se Hitler avesse vinto la seconda guerra mondiale, oggi sarebbe considerato un eroe, invece ha perso, ed è divenuto sommo simbolo del male). Ma qualcosa cambia: Lucifero, angelo di Dio e a lui praticamente pari, decide, avviando la più grande guerra divina, che il comportamento di Dio non era stato giusto e si ribella, radunando con sè altri angeli dotati come Dio della conoscenza del bene e del male e della vita eterna. Si avvia una rivoluzione, la rivoluzione dei cieli. Lucifero è il primo fra tutti ad operare una scelta: vuole la libertà e l' evoluzione a grado di Dio di quei "giocattoli" che ora hanno preso coscienza di se stessi, vuole che ognuno possa scegliere il proprio destino. Ed ora che si vengono a creare le condizioni che porteranno inevitabilmente all' Armageddon: si creano tre fazioni: l' umanità, Dio e i suoi angeli, Lucifero con i suoi angeli (chiamateli demoni o come vi pare, in origine erano angeli). Ma l' Armageddon deve essere combattuto da due sole entità. Lucifero perde lo scontro con Dio, e viene ricacciato in Terra: ai suoi angeli viene tolto il dono della conoscenza, come punizione per la loro ribellione, ma non quello della vita eterna, affinchè rimangano per sempre vivi nella loro ignoranza.

Lucifero è chiaramente collegato ad Evangelion, ed oltretutto compare nella sigla d' apertura (l' angelo coperto da ali, che lasciano intravedere solo il suo volto e il suo frutto della Vita ).

L' uomo, attraverso la conoscenza, sta per produrre un frutto della vita artificiale: il meccanismo S2.
E qui comincia la grande saga di Evangelion, il cui nome giapponese può anche, volendo, essere considerato come "Vangelo del nuovo secolo", quasi a voler far capire che quello che sta per succedere avrà l' importanza che potrebbe aver avuto la Genesi, di cui questo è un replay (alla fine di tutto troveremo Shinji e Asuka come l' Adamo e l'Eva della nuova storia, della nuova Genesi). Dal basso degli Inferi , Lucifero capisce che si può ricominciare, che l' uomo può ora divenire il nuovo Dio: ha creato quello che Dio non ha potuto fare, un frutto della vita artificiale. Lucifero capisce e si ingegna: può far sì che gli umani riaquistino la potenza della vita. Anche la SEELE lo capisce, anche Gendo lo capisce, ma in due maniere differenti. La maniera attiva, quella delle SEELE, che capisce che l' uomo può sostituirsi a Dio, divenendo un' entità unica (come lo stesso Dio) e la maniera passiva, quella di Gendo, che capisce che l' uomo può avere il dono della vita, ma vuole convivere con Dio, evolversi per conto proprio, senza dover causare l' Armageddon.

Gli Angeli quindi aiuteranno l' uomo a divenire Dio. Ma non tengono conto di una cosa: gli uomini avevano creato le Unità Eva , dei semidei. Ciò non avrebbe avuto conto se non ci fosse stata l' Unità 01, dotata del frutto della conoscenza, datole dall' anima della madre di Shinji. Gli angeli intuiscono questo, e decidono di accelerare il tutto, perchè se le unità Eva venissero dotate di un frutto della vita vero, e in special modo l' unità 01, si creerebbe un nuovo Dio, portando a 4 le entità in gioco.

Come possono però gli Angeli aiutare l' uomo a divenire Dio?
Morendo. Infatti, se un Angelo dovesse toccare Adam, l' umanità verrebbe distrutta dal Third Impact, espressione dell' apparizione della potenza della vita, che andrebbe a tutti tolta, facendo rimanere solo gli Angeli, senza più alcuna possibilità di avere per loro la Conoscenza. Ma se il 18° angelo, l'uomo, riuscisse ad annientarli tutti, potrebbe evolversi. Tutti gli Angeli agiscono solo per istinto, non avendo la conoscenza. E il primo istinto, quello della sopravvivenza, comincia a battere. O noi o loro, queste le regole. Ma accade un imprevisto che porterà al fallimento del Third Impact inteso come evoluzione dell' uomo (questo tipo di Impatto, quello evolutivo, si dovrebbe avere creando con unità dotate della vita ---Eva 05 a 13 + Eva 01 + Lancia Longinus, bagnata col sangue di Cristo e quindi contenente insieme vita e conoscenza---- la struttura dell' albero della vita, il cui frutto si estenderà a tutta l' umanità) :
la liberazione dell' unità 01, che ingloba il nucleo, il frutto della vita di Zeliel e diventa un Dio, fondendo la vita con la conoscenza datagli dall' anima di Yui Ikari.

Passano i giorni, passano gli angeli.
Ogni volta che un nuovo angelo attacca, impara e fa imparare qualcosa agli altri, imita il modello dell' uomo, dotato della conoscenza. E le strategie degli angeli si affinano, al punto che per l' ultimo di essi si deciderà di attaccare la NERV e attraverso essa l'umanità, dall' interno.
L' ultimo angelo, Tabris, è quello che va più vicino al successo, ma viene fermato dal suo aver capito che l' umanità vuole solo vivere, che gli fa vincere l' istinto di sopravvivenza nascosto comunque in lui. Quando, là sulla croce, vede Lilith, sua madre, e non Adam, suo fratello, capisce.
Capisce che l' umanità, come lui, vuole solo sopravvivere e decide che è meglio che sopravvivano in 3 miliardi che in uno. Smette di vivere in quel momento, e chiede a Shinji di ucciderlo, perchè in caso contrario, sarebbe costretto a distruggere tutto e tutti. E muore per la salvezza dell' umanità: il Cristo del "Vangelo del nuovo secolo".

A questo punto l' uomo è solo: può evolversi.
Ora subentra la dannata faccenda dei due finali...